Die Diözese Würzburg ist in etwa deckungsgleich mit dem bayerischen Regierungsbezirk Unterfranken. Hier gibt es fast 1000 KLJBler*innen, die sich auf Diözesanebene oder in einer der 25 Ortsgruppen engagieren. Zum Teil haben sich die Gruppen in Kreisverbänden zusammengeschlossen.
- KLJB-Kreisverband Bad Kissingen:
AG Zeltlager, Oerlenbach, Pfersdorf, Schönderling, Thulba - KLJB-Kreisverband Gerolzhofen:
Alitzheim, Dingolshausen, Frankenwinheim, Michelau, Obervolkach, Stammheim, Unterspiesheim - im Landkreis Kitzingen:
Euerfeld - im Landkreis Main-Spessart:
Büchold, Retzstadt - im Landkreis Schweinfurt:
Eßleben, Kronungen - im Landkreis Würzburg:
Bergtheim, Baldersheim, Eichelsee, Gaukönigshofen, Hopferstadt, Rittershausen, Wolkshausen, Taubergau

Oberstes beschlussfassendes Organ ist die Diözesanversammlung, die in der Regel zweimal pro Jahr zusammen kommt.
Geleitet wird der Diözesanverband vom Diözesanvorstand. Sein Sitz ist die Diözesanstelle im „Kilianeum – Haus der Jugend“ in Würzburg.
Für die inhaltliche Arbeit hat die Diözesanversammlung mehrere Arbeitskreise (AKs) dauerhaft eingerichtet. Darüber hinaus arbeiten auch verschiedene Arbeitsgruppen (AGs) projekt- und themenbezogen.
Da die KLJB ein demokratischer Jugendverband ist, richtet sich die Struktur und die Arbeitsweise nach der Diözesansatzung und der Geschäftsordnung, die von der Diözesanversammlung beschlossen wurden.
Zudem hat sich die KLJB Würzburg ein Kirchliches Statut gegeben, das vom Bischof durch ein offizielles Dekret anerkannt wurde. Dadurch ist sie ein kirchlicher Verein mit eigener Rechtspersönlichkeit.
Die KLJB Würzburg setzt sich im Besonderen für vier Bereiche ein:
- Spiritualität und religiöses Leben mit der Land.Jugend.Kirche
- Agrar und Ökologie mit dem AK ALL
- Persönlichkeitsbildungs- und Schulungsarbeit mit dem Gruppenstundenangeboten, der Gruppenleiter*innenschulung und Arbeitshilfen
- Eine-Welt- und Partnerschaftsarbeit mit der Minibrotaktion
