Die Diözese Würzburg ist in etwa deckungsgleich mit dem bayerischen Regierungsbezirk Unterfranken. Hier gibt es um die 900 KLJBler*innen, die sich auf Diözesanebene oder in einer der über 20 Ortsgruppen engagieren. Zum Teil haben sich die Gruppen in Kreisverbänden zusammengeschlossen.
- KLJB-Kreisverband Bad Kissingen:
AG Zeltlager, Oerlenbach, Pfersdorf, Schönderling, Thulba - KLJB-Kreisverband Gerolzhofen:
Dingolshausen, Frankenwinheim, Michelau, Oberschwarzach, Obervolkach, Stammheim, Unterspiesheim - im Landkreis Kitzingen:
Euerfeld - im Landkreis Main-Spessart:
Altbessingen, Büchold, Retzstadt - im Landkreis Schweinfurt:
Eßleben, Kronungen - im Landkreis Würzburg:
Bergtheim, Gramschatz, Unterpleichfeld, Baldersheim, Eichelsee, Gaukönigshofen, Hopferstadt, Rittershausen, Wolkshausen, Taubergau
Oberstes beschlussfassendes Organ ist die Diözesanversammlung, die in der Regel zweimal pro Jahr zusammen kommt.
Geleitet wird der Diözesanverband vom Diözesanvorstand. Sein Sitz ist die Diözesanstelle im „Kilianeum – Haus der Jugend“ in Würzburg.
Für die inhaltliche Arbeit hat die Diözesanversammlung mehrere Arbeitskreise (AKs) dauerhaft eingerichtet. Darüber hinaus arbeiten auch verschiedene Arbeitsgruppen (AGs) projekt- und themenbezogen.
Da die KLJB ein demokratischer Jugendverband ist, richtet sich die Struktur und die Arbeitsweise nach der Diözesansatzung und der Geschäftsordnung, die von der Diözesanversammlung beschlossen wurden.
Zudem hat sich die KLJB Würzburg ein Kirchliches Statut gegeben, das vom Bischof durch ein offizielles Dekret anerkannt wurde. Dadurch ist sie ein kirchlicher Verein mit eigener Rechtspersönlichkeit.